//
you're reading...
Artikel Terbaru

PEMBANGUNAN KEBUN BENIH Shorea laevis Ridl. BERDASARKAN METODE RAPD

BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Tersedianya benih berkualitas tinggi unggul secara genetik, mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan tempat tumbuhnya, dan dalam jumlah yang banyak adalah salah satu persyaratan keberhasilan pembangunan hutan tanaman dimasa mendatang. Tentunya untuk memperoleh benih berkualitas harus berasal dari sumber benih yang telah ditunjuk oleh pihak yang berwenang, sedangkan sumber benih dapat diperoleh dengan dua cara yaitu penunjukan atau pembangunan sumber benih. Ketika suatu sumber benih dibangun khusus hanya sebagai sumber benih maka terdapat lebih banyak kemungkinan mendapatkan produksi benih bermutu genetik yang lebih tinggi dibanding penunjukan sumber benih.

Pohon atau tegakan yang digunakan sebagai tempat pengumpulan benih disebut sumber benih. Berdasarkan mutu benih yang dihasilkan, sumber benih dapat dibagi menjadi 4 kelas. Keempat sumber benih benih tersebut, secara berurutan berdasarkan mutu benih yang dihasilkan (dari yang terbaik sampai yang terendah) adalah kebun benih, areal produksi benih (APB), tegakan benih, dan pohon benih.

Pembangunan sumber benih menentukan keberlangsungan kualitas dan kuantitas benih di masa yang akan datang. Oleh karena itu perencanaannya harus diperhitungkan dengan sebaik mungkin agar benih yang dihasilkan sesuai dengan harapan dan keanekaragaman genetik yang ada tetap terjaga.

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Shorea laevis Ridl.

Menurut Martawijaya et al (1981) Shorea laevis merupakan pohon yang memiliki tinggi pohon mencapai 50 m dengan panjang batang bebas cabang mencapai 35-45 m, diameter pohon mencapai 100 cm lebih, tinggi banir mencapai 2 m. kulit kayu berwarna kelabu, merah atau cokelat, kadang-kadang sampai merah tua, beralur dan mengelupas kecil-kecil, tipis, berdamar warna kuning tua. Kayu teras berwarna kunig-cokelat dan kayu gubal berwarna cokelat muda pucat kekuning-kuningan. Tekstur kayu halus sampai agak kasar. Arah serat berupa lurus atau berpadu. Permukaan kayu licin atau berganti-ganti antara licin dan kesat karena arah serat yang berpadu, dimana pemukaan kayu mengkilap.

Jenis ini tumbuh bersama-sama dengan jenis-jenis Dipterocarpaceae lainnya di dalam hutan tropis dengan tipe curah hujan A dan B, pada tanah pasir, basalt laterit tua dan podsolik, terutama pada tanah yang datar dan sering digenangi air tawar secara bermusim, dapat juga tumbuh di bukit-bukit secara berkelompok atau berpencar, pada ketinggian sampai 400 m dari permukaan laut. Pohon berbuah tidak menentu, sangat tergantung kepada keadaan iklim dan kadang- kadang berbuah banyak selang 3-7 tahun.

Kayu bangkirai banyak dipergunakan untuk kontruksi berat di bawah atap maupun di tempat terbuka, antara lain untuk bangunan jembatan, bantalan tiang listrik, lantai, bangunan maritim, perkapalan, karoseri dan perumahan. Kayu bangkirai ini memiliki kekuatan dan keawetan yang tinggi, dimana termasuk kelas awet I – II. Kayu bangkirai tidak baik untuk pembuatan venir dan kayu lapis, karena keras dan mempunyai berat jenis yang tinggi.

2.2 Kebun Benih

Kebun benih adalah tegakan yang ditanam khusus untuk produksi benih. Kebun benih adalah upaya pemenuhan kebutuhan benih bermutu dalam jangka panjang. Mungkin sulit untuk petani menyediakan lahan khusus untuk produksi benih, tetapi kegiatan ini dapat dilakukan sebagai kegiatan kelompok ataupun kegiatan LSM. Lahan adat atau lahan marga yang tidak dimanfaatkan bisa digunakan untuk pembangunan kebun benih.

Kebun benih biasanya memiliki famili/klon yang dikenal jelas asal usulnya. Pertanaman dilakukan dengan jarak tanam dan rancangan pertanaman tertentu. Bimbingan teknis dari instansi terkait sangat diperlukan untuk ini. Penjarangan seleksi perlu dilakukan untuk membuang pohon-pohon yang kurang baik. Biasanya kebun benih memerlukan jalur isolasi untuk mengurangi kemungkinan penyerbukan dari pohon-pohon di luar kebun benih yang mutunya tidak baik. Kebun benih bisa berasal dari semai/biji dan bisa juga berasal dari perbanyakan vegetatif/klon. Selain menghasilkan biji, kebun benih bisa juga menghasilkan bahan perbanyakan vegetatif seperti pangkasan (biasanya untuk pohon penghasil kayu), stek, pucuk dan mata tunas (biasanya untuk pohon penghasil buah) tergantung cara perbanyakan vegetatif yang dikehendaki.

2.3 RAPD (Random Amflified Polymorphic DNA)

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu metode yang sering digunakan untuk analisis profil DNA genom. Teknik RAPD ini merupakan suatu metode analisis DNA genom dengan cara melihat pola pita DNA yang dihasilkan setelah DNA genom diamplifikasi menggunakan primer acak. Metode ini didasarkan atas teknik reaksi polimerasi berantai (PCR) (Rohaeni 2007).

Penanda RAPD dihasilkan melalui proses amplifikasi DNA dengan menggunakan primer tunggal atau sekuen nukleotida pendek (10-20 base pair) yang sekuennya dibuat secara acak (Wiliams et al. 1990). Teknik RAPD dilakukan dengan menggunakan primer-primer pendek (biasanya 10 base pair) dari suatu sekuensi yang dipilih secara bebas dan mengamplikasikan bagian dari DNA total yang tidak diketahui. Amplifikasi dari potongan-potongan tergantung pada ada atau tidaknya sekuensi komplementer terhadap primer pendek. Fragmenfragmen DNA biasanya secara langsung dipisahkan pada gel agarose (Finkeldey 2005).

Teknik RAPD dapat digunakan untuk menentukan keragaman genetik melalui amplifikasi DNA dengan primer acak tunggal berukuran pendek sekitar 10 susunan basa dalam mesin PCR. Keragaman genetik dapat diamati berdasarkan pita DNA hasil amplifikasi. Amplifikasi pada mesin PCR memanfaatkan komplementasi basa primer dengan basa DNA cetakan, selanjutnya enzim polymerase DNA menambahkan dNTP (denukleotida) untuk pembentukan DNA yang baru. Proses dalam mesin PCR mengikuti pola sintesis DNA (replikasi) dalam sel mahluk hidup (Innis & Gelfand 1990). Komponen-komponen yang dibutuhkan dalam reaksi ini hampir sama dengan komponen dalam proses replikasi DNA yaitu enzim polymerase DNA, DNA cetakan, basa-basa nukleotida yang sering disebut dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), buffer dengan MgCl2 dan aqudest steril (Innis & Gelfand 1990).

RAPD sangat kuat dalam mendeteksi polimorfisme dalam jumlah besar karena oligonukleotida dari primer dapat mendeteksi semua genom dalam reaksi PCR. Produk dari amplifikasi DNA diskoring berdasarkan ukuran serta kemunculan pita. Polimorfisme terjadi ketika pita muncul pada suatu induk tetapi tidak pada induk yang lainnya. Sekalipun fragmen homolog terdapat pada induk lain, akan tetapi menunjukkan pita pada ukuran yang berbeda, hal ini akan diskoring sebagai penanda yang berbeda (Dunham 2004).

Metode penanda RAPD mendeteksi polimorfisme DNA yang menggambarkan ada tidaknya amplifikasi pada suatu lokus. Lokus dari penanda RAPD hanya ada dua tampilan saja yang dapat diobservasi yaitu ada atau tidaknya pita. Oleh karena itu, pada tingkat genotipe alel homozygot dan heterozygot tidak dapat dibedakan. Alel yang tidak muncul dianggap resesif terhadap alel yang muncul. Oleh karena itu, penanada RAPD diekspresikan dan diskoring sebagai alel yang dominan (Young et al. 2000; Dunham 2004).

BAB III

BAHAN DAN METODE

3.1. Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan pada percobaan ini berupa 9 sampel foto daun (OPO-6 3 buah, OPO-9 3 buah dan OPY-2 3 buah). Sedangkan alat yang digunakan ialah laptop dengan paket program analisis genetik berupa POPGEN 32 dan NTSYS 2.0.

3.2. Prosedur Praktikum

Langkah kerja praktikum ini yaitu, pertama scoring dilakukan terhadap foto DNA RAPD kemudian pindahkan hasil scoring kedalam notepad dengan format yang sudah ditentukan lalu simpan file. software Popgen32 digunakan untuk melihat kekerabatan gen antar pohon. Lalu, pada software Popgen32 klik file kemudian download, cari file notepad dan klik ok. Klik Dominant lalu klik diploid. Isi kotak check all dan kosongkan kotak groups, klik ok. Didapatkan dendrogram kekerabatan antar pohon See Nei 1972. Berdasarkan hasil dendrogram tersebut dibuat skema kebun benih menggunakan software excel. Kebun benih dibuat dengan luasan 2 Ha, 5 blok dan 10 plot dengan jarak tanam masing-masing 3 m x 3 m. Setiap blok dibuat dengan warna yang berbeda sehingga dapat dibedakan. Setelah areal kebun benih terbentuk, setiap plot diisi dengan nomer tanaman dimana tanaman yang kekerabatannya dekat (sesuai dendrogram See Nei 1972) tidak boleh diletakkan berdekatan.

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

Pola pita hasil dari kegiatan ekstraksi dan isolasi DNA bervariasi dari yang tebal sampai yang tipis. Pita DNA yang tebal mengindikasikan bahwa hasil ekstraksi tersebut sangat kotor. Menurut Qiangen (2001), hasil ekstraksi yang kotor ini masih mengandung phenol yang tinggi, chloroform, dan alkohol. Selain itu hasil yang kotor tersebut masih mengandung kontaminasi protein, polisakarida, dan RNA. Kegiatan ekstraksi dan isolasi pada sampel daun Agathis loranthifolia yang dilakukan pada penelitian ini secara umum rata-rata memperlihatkan pola pita yang tebal yang mengindikasikan masih terkontaminasi oleh bahan-bahan kimia sisa proses ekstraksi dan protein, polisakarida, dan RNA. Primer yang digunakan pada penelitian ini adalah primer OPO-6, OPO-9, dan OPY-2. Jumlah pita DNA yanng dihasilkan dari hasil amplifikasi 3 primer tersebut secara berurutan adalah 17, 11, dan 7 pita DNA untuk masing-masing individu, bervariasi tergantung pada jenis primer yang digunakan dan DNA yang dianalisis. Jumlah total dari ketiga primer adalah sebanyak 35 lokus. Adapun rinciannya disajikan pada tabel 1.

Tabel 1 Komposisi lokus masing-masing primer

Primer

Jumlah Lokus

OPO-6

17

OPO-9

11

OPY-2

7

Total

35

Primer OPO-06, OPO-09 dan OPY-02 memiliki jumlah total 33 lokus. Lokus yang paling banyak terdapat pada primer OPO-06 sebanyak 15 lokus, kemudian OPO-9 dengan 11 lokus dan 7 lokus oleh OPY-9 .

Pada kesempatan ini pembangunan sumber benih dilakukan di Jasinga dengan pembuatan 5 blok besar kebun benih dengan masing-masing blok terdiri dari 10 plot dengan masing-masing populasi yang berbeda. Pembuatan kebun benih yang dibuat tergolong ke dalam kebun benih klonal. Kebun benih dibangun dengan menggunakan tanaman vegetatif (ranting, mata tunas dan tain-lain) untuk menghasilkan benih-benih yang unggul secara genetik. Pembangunan sumber benih ini perlu memperhatikan hal-hal seperti kekerabatan. Kekerabatan antar individu pohon dapat dianalisis dengan menggunakan bantuan PopGen 32.

Dari dendrogram antar populasi (Terlampir) dapat dilihat populasi memisah membentuk kelompok sendiri-sendiri. Hal tersebut menunjukkan bahwa suatu populasi memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan populasi lainnya. Individu-individu yang memiliki keragaman genetik yang hampir sama ditanam pada tempat yang tidak berdekatan. Dari dendrogram pada (terlampir), semua populasi antara pohon plus dan pembanding, maupun lanang mengelompok secara acak. Hal ini berarti tidak dapat dibedakan antara populasi pohon plus, pembanding maupun lanang. Pemisahan plot tanam dilakukan karena populasi-populasi tersebut memiliki keragaman yang hampir sama (dilihat dari kedekatannya pada dendrogram) sehingga mencegah inbreeding antar populasi-populasi yang dapat menghasilkan progeny dengan sifat-sifat resesif dari hasil perkawinan. Individu yang berasal dari populasi-populasi yang berbeda secara genetik (letaknya berjauhan pada dendrogram) akan menghasilkan individu-individu unggul yang menghasilkan sifat-sifat genetik dominan jika ditanam pada blok yang berdekatan.

 

BAB V

KESIMPULAN

Adanya praktikum ini dapat dijadikan pedoman dalam pembangunan sumber benih Shorea laevis Ridl. berdasarkan metode RAPD. Berdasarkan hasil analisis data, didapatkan bahwa dari ketiga populasi yang mempunyai kekerabatan dekat adalah populasi garut plus dan lanang.

LAMPIRAN “Dendogram Antar Populasi”

http://www.ziddu.com/download/16416974/LAMPIRAN.txt.html

http://www.ziddu.com/download/16416974/LAMPIRAN.txt.html

Send the Document File(s) Link to your Friends

Your Name:
Your Email:
Your friends email ID:
Ex: willsmith@yahoo.com, stevens@rediff.com
(separate Email addresses with commas)

About baskara90

Terima kasih kepada siapa saja yang telah membuka blog ini. Saya adalah Hafiizh Baskara. Seorang pria yang terlahir di Jombang pada tanggal 17 Juli 1990. Dari pasangan Suami-Istri yaitu Drs. Adi Rahardjo dan Dra. Surjani Hasana, dan kini beliau berdua memiliki tiga putra. Hafiizh Baskara, Zahdiar Radin, dan Yunia N. Azizah. Untuk saat ini saya sedang melanjutkan studi di Fakultas Kehutanan - Institut Pertanian Bogor. Dan untuk saat ini penulis sedang duduk di semester lima. Aktivitas lain selain kuliah adalah menjadi seorang desainer grafis di sebuah perusahaan kecil yaitu "D'art Painting Company". merupakan sebuah perusahaan kecil yang terkonsentrasi di bidang Sepatu Lukis (Painting Shoes) dan di bidang konveksi. Pemuda dengan tinggi badan 187 cm ini menyenangi segala sesuatu yang berhubungan dengan desain grafis, IT, dan olah raga. sebuah impian yang selalu ingin di capai untuk saat ini adalah ingin menjadi seseorang yang sangat bermanfaat bagi dunia.

Diskusi

Belum ada komentar.

Tinggalkan Balasan

Please log in using one of these methods to post your comment:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

Kalender

September 2011
S S R K J S M
« Mei   Nov »
 1234
567891011
12131415161718
19202122232425
2627282930  
%d blogger menyukai ini: